परिसर में एक साधना गुफा भी स्थित है, जिसे परंपरागत रूप से कबीर से जोड़ा जाता है। 2018 में प्रधानमंत्री नरेंद्र मोदी की मगहर यात्रा के दौरान उन्होंने इस गुफा का भी अवलोकन किया था। यहां उत्तर प्रदेश राज्य पुरातत्व विभाग द्वारा स्थापित एक सूचना पट्ट भी लगा है।

मगहर में ही उत्तर प्रदेश सरकार के संस्कृति विभाग के अंतर्गत 'संत कबीर अकादमी' की स्थापना की गई है, जिसकी आधारशिला प्रधानमंत्री मोदी ने 28 जून 2018 को रखी थी। यह संस्था कबीर के जीवन, साहित्य और दर्शन पर शोध, प्रकाशन एवं शैक्षणिक गतिविधियों हेतु समर्पित है।

स्थल का प्रबंधन परंपरागत रूप से हिंदू-मुस्लिम साझी व्यवस्था पर आधारित बताया जाता है — समाधि की देखरेख कबीरपंथी परंपरा के अनुसार होती है, जबकि मजार की देखरेख एक मुतवल्ली द्वारा। सटीक संस्थागत/न्यासिक व्यवस्था का विवरण स्रोत के अनुसार भिन्न हो सकता है।